查尔斯达尔文大学拥有土著人研究院，文学院，商学院，教育学院，预科，工业教育和培训，法学院，理工学院。

院系专业：会计学，商法，人类学，生物学，工商，化学，地球科学，经济学，金融学，教育学，工程学，数学，物理学，英语，艺术，历史学，印度尼西亚语言文学，法学，管理学，音乐，护理学，政治学，心理学，社会工作，社会学，商科，旅游学和宾馆，建筑和工程贸易，科技，车辆和电子贸易，职业和就职研究。

杰出课程：工程类(Engineering),查尔斯达尔文大学工程学院获得了EUR-ACE?的资格认证，主要项目包括工程科学学士，这也是第一所澳大利亚大学获得这样的殊荣。另外，大学也获得了EUR-ACE?的2年科学研究生资格认证。这个项目也被澳大利亚工程师协会（Engineering Australia）的华盛顿协议所认证，也包括英国和美国的资格认证。

杰出课程：信息技术(IT)本科和研究生课程已经获得澳大利亚计算机协会的完整认证，也达到了首尔协议的要求。信息技术专业的毕业生有资格成为专业等级的澳大利亚计算机协会会员。